Однако его поджидала вторая неудача. Павлову была предложена кафедра физиологии в Томске. Он дал свое согласие, но министр Делянов назначил туда другого кандидата, за которого хлопотал один влиятельный вельможа. Павлову же предложили занять в Томске кафедру фармакологии. Материальное положение (Павлов был приват-доцентом и получал по тогдашним условиям очень маленькую оплату за свой труд) заставляло согласиться на это предложение, внутренний же голос говорил против, потому что Павлову жаль было расставаться с любимой физиологией. Однако авторитет Павлова рос с каждым днем. О нем за говорили в университетах, к нему за советами обращалась научная молодежь. Варшавский университет решил избрать Пав лова на кафедру; одновременно он был избран профессором фармакологии Военно-медицинской академии (1890) и таким образом остался в Петербурге. Материальное положение Ивана Петровича значительно укрепилось, и это было кстати, так как семья его росла (в 1881 году он женился на Серафиме Васильевне Карчевской, у них были уже дети). Через короткое время, в том же 1890 году, Павлов охотно принял предложение стать во главе физиологического отдела вновь созданного Института экспериментальной медицины. К этому времени он развернул большие опыты по физиологии пищеварения. Требовалась большая операционная, устроенная по всем правилам асептики. В лаборатории Боткина это было неосуществимо: нехватало ни места, ни средств. Вот почему Павлов перешел в Институт экспериментальной медицины. Здесь он построил по своему плану «чистую операционную», которая по соблюдению всех правил стерильности операций и по техническому оснащению не уступала операционным в клиниках. О Павлове заговорили по всей России. Де­сятки учеников, диссертантов стали стекаться к нему в институт.

Таким образом, обстоятельства складывались удачно. Кафедра фармакологии обеспечивала его материальное положение, и в то же время он не порывал с близкой его сердцу, ставшей для него второй жизнью физиологией.

Наконец, в 1895 году Ива н Петрович получил кафедру физиологии в Военно-медицинской академии, которую он занимал до 1924 года. Всего же Павлов проработал на академическом и научном поприще более шестидесяти лет.

Как педагог он имел себе мало равных. В своей педагогической работе, как и в научной, он не любил шаблонов и псевдонаучной мишуры. Не понимавшие Павлова ученые и враги обвиняли его в индивидуализме, нетерпимости к чужим мнениям. Это совершенно неверно. Школа Павлова дает нам высшие образцы организованного коллективного творчества. Почти шесть десятилетий строил он совместно со своими учениками здание науки. Оно было вполне оригинальным, оно явилось продуктом самобытного творчества. Ценный вопрос, умное критическое замечание интересующегося делом студента часто были для Павлова дороже некоторых научных статей. К литературе он подходил критически и в своих работах ссылался далеко не на многих авторов. В выпущенной в 1897 году первой книге о физиологии органов пищеварения список литературы включал лишь 26 работ.

Павлов терпеть не мог руководствоваться «творческим модусом» некоторых ученых, о которых поэт хорошо сказал: «что ему книжка последняя скажет, то ему на душу сверху и ляжет». Не любил также Павлов в своих лабораторно-экспериментальных работах прибегать к обоснованию голой статистикой, к ссылкам на проценты. Его интерес к работе был так велик, что он запоминал все тончайшие детали опыта, быстро схватывал все новые соотношения, и тогда цифры и проценты, которые он запоминал с удивительной точностью, приобретали особое значение. Обладая поразительным уменьем связывать наблюдавшиеся им явления, которые он помнил десятки лет, как опытный клиницист помнит всех своих серьезных больных, Павлов де­ лал свои научные выводы на основании тщательного анализа наблюдений, продумываемых им в течение многих месяцев и лет. Для характеристики этого процесса он подобрал своеобразное и удачное обозначение - «не отступное думание».